Вычислительные методы для системной биологии

ФРОНТИРНЫЕ ЛАБОРАТОРИИ

РУКОВОДИТЕЛЬ ПРОЕКТА

  • Сергушичев Алексей Александрович
    Директор, Научно-образовательный центр геномного разнообразия
    alserg@itmo.ru
ЦЕЛЬ ПРОЕКТА
Разработка коллекции открытых, эффективных и удобных вычислительных методов и программных инструментов, помогающих получать  результаты на переднем крае биологии, с фокусом на иммунологию, данные об экспрессии генов и графовые алгоритмы.

КЛЮЧЕВЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ

  • Фреймворк для сетевых методов интерпретации биологических данных, применимый для разных типов биологических сетей и типов данных.
  • Веб-сервисы для работы с открытыми экспериментальными транскриптомными данными, интегрирующие разработанные в лаборатории вычислительные методы анализа.
  • Алгоритмы и программные инструменты для комбинаторной оптимизации и сэмплирования, с фокусом на графы.

ЯДРО КОМАНДЫ

  • Сергушичев Алексей Александрович
    директор, научно-образовательный центр геномного разнообразия

    руководитель проекта

  • Алексеев Никита Владимирович
    доцент, факультет информационных технологий и программирования

    разработка новых алгоритмических подходов к решению биоинформатических задач

  • Зайцев Константин Вячеславович
    аспирант 3-го года, факультет информационных технологий и программирования
    разработка методов и веб-сервисов для работы с данными транскриптомики единичных клеток
  • Лобода Александр Александрович
    аспирант 4-го года, факультет информационных технологий и программирования
    разработка методов для решения задач комбинаторной оптимизации и сэмплирования на графах

  • Сухов Владимир Дмитриевич
    аспирант 4-го года, факультет информационных технологий и программирования
    разработка статистических методов интерпретации транскриптомных данных